Hệ thống đào tạo tại Đại học Phú Xuân bao gồm 13 Chuyên ngành đào tạo thuộc hệ Cử nhân chính quy gồm các ngành thuộc khối Kinh tế, Công nghệ, Du lịch và Ngôn ngữ, áp dụng mô hình năng lực ASK (Thái độ – Kỹ năng – Kiến thức). Các chương trình này được thiết kế để đáp ứng yêu cầu tuyển dụng của doanh nghiệp, trong đó nhà trường tập trung đào tạo những ngành nghề mà xã hội có nhu cầu nhân lực cao, có triển vọng phát triển nghề nghiệp tốt nhất đồng thời đổi mới chương trình đào tạo để đảm bảo sinh viên được phát triển đồng bộ.
Đối với các chương trình liên kết quốc tế, nhà trường tổ chức các khóa đào tạo ngắn hạn và chương trình “Study Tour” dành cho sinh viên quốc tế muốn tìm hiểu văn hóa Việt Nam, cùng các khóa tập huấn kỹ năng trong khuôn khổ các dự án hợp tác quốc tế.
